契作代耕
斗南鎮農會為全國第一個「小地主，大佃農」示範單位，2003年開始執行農作物生產履歷，提升農產品質量與安全，並建立中衛生產體系，以斗南鎮為代耕中心基地，將鄰近雲林四湖、元長、東勢、台西、彰化二林、芳苑、台南六角、將軍、佳里等鄉鎮，串聯結合為「契作生產安全管理與農產品安全追溯資訊網」，以適地適種的觀念建立起中、南部地區的代耕中心。目前農會聘任專業田間管理人員，以一致化的田間管理確保安全與品質，職員管理面積約100公頃，總契約栽培控管面積約450公頃。
管理栽培
(一)自然農法栽培管理
重視環境生態與土地永續管理的田間栽培管理。
(二)優質品種栽培管理
配合區域優勢品種與客戶指定品種為契約管理策略，委託國內外農藝學者專家協助田間品質提升指導。
(三)安全栽培田間管理
全台首創農會聘任專業田間管理人員，以一致化的田間管理確保安全與品質
資材管理
(一)健康安全育苗管理
稻種採用水稻三級繁殖制度所繁殖之水稻品種，以優良水稻推薦品種為主，由農會指定水稻育苗中心統一育苗栽培。
(二)土壤水源肥料管理
灌溉水源通過嚴格檢測標準符合農業生產區規格，生長過程全程監控進行合理化施肥管理，稻米品質穩定安全。